Wielu programistów stara się stworzyć nowy interfejs graficzny dla systemu Pocket PC - taki, który oferowałby lepszą funkcjonalność. Istnieje już kilka alternatywnych nakładek graficznych, zmieniających całkowicie wygląd systemu. Najpopularniejsze z nich to programy, które upodobniają wygląd okienek pocketa do dużego systemu Windows. Przenoszą one Menu Start do dolnej lewej krawędzi ekranu. Zmieniają także wygląd pasków zadań, zamieniają ekran Today w pulpit - pozwalając umieszczać na nim ikonki, itd. Oto dwa przykłady: