Ciekawy temat graficzny ekranu Today i nowe kolory systemowych pasków potrafią znacznie umilić korzystanie z mobilnych okienek. Takich tematów są tysiące, ale nie każdy działa poprawnie na WM 5.0 for Pocket PC. Niestety Microsoft zmienił nieco strukturę pliku TSK w nowych okienkach i pojawił się też problem kolorowania systemowych pasków, które posiadają teraz inny gradient niż w WM 2003 i Pocket PC 2002. Praktycznie mało który producent aplikacji do tworzenia tematów udostępnił zaktualizowaną wersję takiego programu, który dobrze obsługiwałyby tematy dla WM 5.0. Jednym z wyjątków jest darmowy ThemeGenCe, który pozwala m.in. swobodnie zarządzać gradientami systemowych pasków w nowych okienkach.