Brak trybu awaryjnego w mobilnych okienkach, który pozwoliłby na uzyskanie dostępu do przechowywanych w PDA danych, gdy urządzenie blokuje się na ekranie ładowania systemu, doprowadziło do rozpaczy już niejednego użytkownika. Sam kilka razy straciłem kilka istotnych plików, gdy jakiś program namieszał ostro w systemie, a plik z kopią bezpieczeństwa nie był pierwszej świeżości. Niektórzy producenci PDA dodają taką funkcję działającą niezależnie od mobilnych okienek, która wymusza skasowanie rejestru i start jedynie podstawowych procesów potrzebnych do uruchomienia systemu. Takich urządzeń jest jednak dosłownie garstka. Dlatego reszta posiadaczy PDA powinna zabezpieczyć się przed takim zwisem na ekranie ładowania, przez instalację odpowiedniej aplikacji, dodającej możliwość uruchamiania PDA w trybie awaryjnym. Pierwszym takim programem był SafeMode.

Wirusów na PDA może nie ma jeszcze zbyt wiele, ale na rynku dostępnych jest już kilka aplikacji do ich zwalczania. Jednym z bardziej popularnych programów tego typu jest AirScanner AntiVirus. Ostatnio udostępniono nową jego wersję (3.0) oferującą poza odświeżonym interfejsem graficznym również opcję ciągłego monitoringu systemu, ulepszony menadżer zadań ułatwiający ubijanie wrogich aplikacji, rozbudowany system planowania automatycznych aktualizacji i skanowania oraz mniejsze zapotrzebowanie na czas procesora oraz ilość pamięci operacyjnej.

Smart File Acceptor to mały program przygotowany przez autora opisywanej ostatnio aplikacji o nazwie The Real Blue Jack. Realizuje on jedną z wielu funkcji oferowanych przez drugi z wymienionych programów, przy okazji nieco ją rozbudowując. Otóż ułatwia on odbieranie plików przesyłanych przez Bluetooth. Smart File Acceptor przeznaczony jest dla użytkowników PDA których moduł Bluetooth kontrolowany jest przez menadżera Microsoftu, który po pierwsze nie pozwala na wybranie folderu docelowego, dla odbieranych plików, a po drugie za każdym razem zadaje pytanie, czy zapisać dany plik w pamięci czy go odrzucić.